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LncR2metasta,肿瘤相关的lncRNA数据库使用介绍

肿瘤的转移是肿瘤治疗领域的一大难题,也是肿瘤研究方向上的一个重要方向。


最近发现武汉科技大学邓文生教授课题组于今年8月在生物信息学领域国际著名期刊《Briefings in Bioinformatics》发表了另一款与肿瘤相关的lncRNA数据库:LncR2metasta,数据库网址为http://lncr2metasta.wchoda.com。该数据库共收集了在54个肿瘤类型中,304个lncRNA与39个肿瘤转移事件的1283个关联。


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下面本工来给大家介绍安利一下这个数据库。


进入主页后,大家可以看到一个朴素的页面,上面红色的方框里表示网站的主要功能模块,下面的红色方框可提醒大家如果数据库帮到了你的研究,请记得引用他们哦。


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在Browse模块,大家可以在左边的栏目里看到两个父集——LncRNA和Cancer metastatic event,就是说大家可以直接在LncRNA的选项里寻找感兴趣的目标lncRNA,也可以在Cancer metastatic event根据肿瘤转移的相关事件来寻找lncRNA。如下图所展示,就有一些跟肿瘤从乳腺转移到脑和骨(Breast-Bone,Breast-Brain)相关的lncRNA。


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当我们以“LncRNA”模式浏览时,数据库会在右边给我们展示这样的界面来显示结果。上为lncRNA的基本信息,包括名称、分类、在不同数据库里的ID、染色体位置,点击蓝色的字体会跳转到相对应的数据库里。


下面的部分,则会展示lncRNA与转移相关的不同功能,如“Cancer cell invasion”、“Cancer cell migration”、“Cancer cell proliferation”,还有所研究的肿瘤类型、lncRNA的角色、以及参考文献的ID。


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如果大家点击蓝色的“Cancer cell invasion”、“Cancer cell migration”、“Cancer cell proliferation”字体,则会跳转出如下界面,展示包括lncRNA的实验方法、表达模式、实验方法、靶向的基因或通路,还有该功能在文献中的描述。


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当我们以“Cancer metastatic event”模式浏览时,则可以在每一个对应的事件里查找相关的数据和结果,例如下图中的“Breast-Lung”,就表示“肿瘤原发于乳腺,转移到肺部”这样一个事件,参与这一事件的lncRNA有ANCRBCAR4


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Search模块,数据库提供了三个参数进行选择和输入来帮助大家搜索结果,包括“Cancer metastatic event”、“LncRNA symbol, ID or location”类型和具体的名称。


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点击“Search”后展示的结果内容也前面的也比较一致,在此就不赘述了。


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当然,如果你想要自己下载数据进行筛选的话,数据库也是支持的!


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在Download界面,有两个选项可以选择,用户可以框定范围,也可以选择All。


关于这个数据库的介绍就到这里了,大家在研究过程中碰到了一个lncRNA,想知道它和转移有没有关系,可以来这里搜搜看看,很是方便。


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